一部の出現場所の瘴気魔は出現させるための条件があります。
マリッタ交易所跡でも条件が揃わないと出現しません。

• 交易所跡のすぐ近くにいるボスボコブリン隊を倒す
• 交易所跡内にしばらく滞在

ボスボコブリン隊を倒して交易所跡で時間を潰しても出現しない場合は、一度離れた他の場所に行って戻ってみて改めて時間つぶししましょう。
木箱を壊して木の矢を回収しているうちに出現するはずです。